南沙处于珠江三角洲经济区的几何中心，位于珠江出海口虎门水道西岸，是西江、北江、东江三江汇集之处，是区域性水、陆交通枢纽。而南沙经济技术开发区按照国批四至范围，涉及南沙区的南沙街、黄阁镇、万顷沙镇，规划面积约30.1平方公里。园区分为一园三片，一园即南沙经济技术开发区创建国家生态示范园，三片包括：南沙经济技术开发区黄阁片区（7.58平方公里，占园区总面积的25.2%）、南沙经济技术开发区南沙岛片区（12.56平方公里，内含南沙资讯科技园2.5平方公里，占园区总面积的41.7%）、南沙经济技术开发区万顷沙片区（灵新大道以东八涌-十一涌范围9.96平方公里，占园区总面积的33.1%，内含广州南沙保税港区之出口加工区（简称南沙出口加工区）1.36平方公里），合计约30.1平方公里。