一、秘书处。负责党工委、管委会及党工委办公室、管委会办公室文电收发、分办、核稿、档案、印鉴管理、机要、保密工作;草拟和审核、印发以党工委、管委会及党工委办公室、管委会办公室名义发布的文电;负责管委会主任会议、主任办公会议、工作会议会务工作;指导、协调党工委、管委会全区性会议会务工作;协调处理安全、综合治理、信访工作;负责机构编制、人事、机关财务和资产管理等工作;综合协调机关政务和制度建设工作。

　　二、综合处。负责管委会主任会议、主任办公会议的纪要、备忘起草工作;负责以党工委、管委会或党工委办公室、管委会办公室名义报出的综合材料的文字审核工作;负责党工委、管委会规章制度、议事协调机构的规范、清理工作;协调处理编志工作;收集、调研、整理管委会政务信息，向上级报送有关信息;协调有关部门统筹全区对外宣传工作，协助做好全区新闻报道工作;承办信息公开、综合文字工作。

　　三、会务处。负责党工委、管委会或党工委办公室、管委会办公室重大活动的组织安排和党工委、管委会领导同志内外事活动安排等工作;负责党工委、管委会主要领导同志调研的会务及纪要、备忘起草工作;负责上级领导来南沙考察调研讲话精神的整理工作;负责指导、协调、督促全区性政务活动;组织协调有关部门接待来南沙考察的有关来宾;负责管委会代表团外出考察活动的组织保障工作。

　　四、战略发展研究处。参与制定全区的发展战略与规划;负责组织、协调、指导全区性的调查研究工作;负责组织开展社会治理和社会建设相关课题专题研究，为党工委、管委会重大决策提供决策参考和咨询意见;负责组织、协调、指导全区各部门的调查研究工作;负责起草全区综合性文稿，负责或组织有关部门起草、修改有关重要文件材料。

　　五、督查室。负责管委会主任会议、主任办公会议、工作会议决定事项、重大问题以及党工委、管委会领导同志批示、指示的汇总、梳理以及执行落实的协调、检查、督办工作;负责上级领导批示、指示以及上级工作部署执行落实的协调、检查、督办工作;组织处理人大代表议案、建议和政协提案，协调、检查、督促代表议案、建议和政协提案的办理工作。