根据广州市机构编制委员会《关于印发〈中国(广东)自由贸易试验区广州南沙新区片区管理体制和机构设置的方案〉的通知》(穗编字〔2015〕101号)、《关于印发〈广州南沙经济技术开发区(中国(广东)自由贸易试验区广州南沙新区片区)、广州南沙保税港区党工委管委会主要职责内设机构和人员编制规定〉的通知》(穗编字〔2015〕203号)，设立广州南沙经济技术开发区(中国(广东)自由贸易试验区广州南沙新区片区)、广州南沙保税港区明珠湾区开发建设办公室(以下简称南沙开发区(自贸区南沙片区)明珠湾区开发建设办)，为南沙开发区(自贸区南沙片区)管委会工作部门。

　　主要职责：实施国家有关新区和自贸试验区的发展战略，落实自贸试验区、开发区城市开发和产业发展的方针政策，组织推进明珠湾区城市建设、经济合作等工作;负责制定明珠湾区开发建设的具体实施方案及年度计划，组织梳理和拟订明珠湾区的产业发展方向及产业政策;负责按照控制性详细规划制定明珠湾区规划建设方案和相应的实施导则，并组织实施;负责拟订明珠湾区建设技术标准，并组织推进明珠湾区的城市基础设施和公共服务配套设施的开发建设，落实建设工程的投资管理、质量管理、进度管理工作;参与拟订明珠湾区城市发展及土地利用计划;负责制定明珠湾区开发建设推进时序，参与拟订明珠湾区年度土地出让方案;负责推进明珠湾区的经济合作和产业导入工作，组织明珠湾区内招商引资和引进项目落户工作，提出现代金融、商务总部、科技创新等现代服务业发展指导建议，参与拟订支持政策及落户条件并负责组织实施;负责协调推进明珠湾区的功能集聚工作;承办党工委、管委会和上级部门交办的其他事项。

　　内设机构：根据上述职责设3个内设机构，分别是：综合管理处(经济合作处)、计划投资处、建设管理处。

　　人员编制：配行政编制16名，其中：主任1名、副主任3名，总规划师1名、总工程师1名;正科级领导职数3名，副科级领导职数1名。